主题：单细胞生物信息学中的工具、方法与资源——从细胞通讯到空间转录组
时间：2026年4月28日10：00-11：00
地点：二教南228会议室
主持人：魏凯华
刘一方博士
1989 年生。本科就读于中国药科大学生物技术专业，博士毕业于清华大学生物信息学方向（师从李程），2019-2022 年在美国哈佛医学院 Perrimon 实验室从事博士后研究。目前在杭州一家生物科技公司任资深研究员。研究方向是单细胞与空间转录组学的生物信息学，关注细胞间通讯网络的计算解析、三维空间转录组图谱构建，以及跨物种单细胞资源整合。曾开发 FlyPhoneDB（Genetics 2022）、DRscDB（CSBJ 2021）等生信工具，参与构建非人灵长类早期器官发生的 3D 空间转录组（Nature Cell Biology 2026）以及果蝇肾脏系统的单核转录组工作（PNAS 2022），并参与过多个单细胞与空间转录组学相关的研究项目；担任若干 SCI 期刊审稿人。
报告摘要：随着单细胞测序技术的发展，研究者可以在细胞分辨率下解析细胞状态、细胞间通讯以及组织空间结构。本报告围绕报告人在这一方向上的几条相互关联的研究主线展开：（1）细胞间通讯网络的计算解析——面向果蝇这一模式生物，构建了 FlyPhoneDB（Genetics 2022）这一专用细胞通讯分析平台，包含配体-受体数据库、评分算法与 Web 工具，已在中肠、脂肪体、血淋巴等多个系统中验证；（2）三维空间转录组图谱——参与构建非人灵长类早期器官发生的 3D 空间转录组（Nature Cell Biology 2026），探索了从连续切片重建空间图谱的方法，为理解发育过程中细胞命运决定的空间组织提供参考；（3）跨物种单细胞资源整合——围绕果蝇肾脏系统的单核转录组工作（PNAS 2022）以及跨物种 scRNA-seq 数据库 DRscDB（CSBJ 2021），探讨了细胞类型的跨物种比较、功能基因组资源整合与调控网络推断的方法。这些工作围绕工具—方法—资源三条脉络，尝试为单细胞生物学与生物信息学交叉方向积累可延续的基础。